色譜儀中色譜柱的溫度，不僅影響色譜過程的熱力學因素，也影響傳質過程的動力學因素。柱溫變化，不僅影響柱前端壓力、載氣流速等，更重要的是對物質的分離、分析結果帶來影響
　　氣相色譜中，柱溫是影響化合物保留時間的重要因素。使用中，應注意柱溫的選擇，因為柱溫關系到：色譜柱固定液的壽命。若柱溫高于固定液的較高使用溫度，則會造成固定液隨載氣流失，不但影響柱的壽命，而且固定液隨載氣進入檢測器，將污染檢測器，影響分析結果。
　　柱溫變化對二手安捷倫氣相色譜儀的分析結果有重要的影響，選擇合適的柱溫以及對柱溫進行控制就很重要了。
　　應保證柱溫不高于固定液的較高使用溫度(即色譜柱的高耐受溫度)，避免固定液流失而影響色譜柱柱效和使用壽命；
　　選擇合適的柱溫，柱溫的選擇應使難分離的兩組分達到預期的分離效果，峰形正常而分析時間又不長為宜，一般柱溫應比試樣中各組分的平均沸點低20-30℃，通過試驗決定；
　　對于沸點范圍較寬的試樣，應采用程序升溫，按預定的加熱速度隨時間呈線性或非線性地增加溫度。一般升溫速度是呈線性的。
　　化合物保留時間。柱溫越高，出峰越快，保留時間變小。柱溫變化會造成保留時間的重現性不好，從而影響樣品組分的定性結果。一般柱溫變化1℃，組分的保留時間變化5%，如果柱溫度變化5%，則組分的保留時間變化20%。
　　分離效能和分析時間。若柱溫過高了，會使各組分的分配系數K值變小，分離度減小;但柱溫過低，傳質速率顯著降低，柱效能下降，而且會延長分析時間。
　　色譜峰峰形。柱溫升高，正常情況下會導致半峰寬變窄，峰高變高，峰面積不變。但是組分峰高變高，以峰高進行定量時時分析結果可能產生變化;反之柱溫降低，則相反。
　　當采用純樣疊加法定性時，已知混合物中含某組分，將該組分的純樣加入，觀察加入前后的響應信號變化。柱溫變化，保留時間變化，但是加入前后的樣品影響信號變化是一致的，因此柱溫變化不影響采用這種方法定性的結果。
　　當二手安捷倫氣相色譜儀采用保留指數定性時，恒溫分析，保留指數與保留時間有關，而柱溫影響保留時間變化;程序升溫分析，除了保留時間，保留指數還與保留溫度有關。因此，這種定性方法易受柱溫變化影響。