二手質譜儀重要的應用是分離同位素并測定它們的原子質量及相對豐度，測定原子質量的精度超過化學測量方法，大約2/3以上的原子的質量是用質譜方法測定的。
　　由于質量和能量的當量關系，由此可得到有關核結構與核結合能的知識，對于可通過礦石中提取的放射性衰變產物元素的分析測量，可確定礦石的地質年代，還可用于有機化學分析，特別是微量雜質分析，測量分子的分子量，為確定化合物的分子式和分子結構提供可靠的依據，由于化合物有著像指紋一樣的獨特質譜，質譜儀在工業生產中也得到廣泛應用。
　　功能簡介：
　　1.可以提供傳統裂解方法無法得到的信息息；
　　2.脈沖碰撞能量誘導解離功能可以提供低質量端碎片離子信息；
　　3.高選擇MS/MS分析給譜圖在數據庫和譜庫檢索更好的匹配，提高了結構確證的可靠性。另外快速極性切換，母離子相關MS3數據關聯掃描，可以對翻譯后修飾和代謝物組成的鑒定進行智能、快速分析，還可以和高端的回旋共振質譜組合成先進的多級高分辨雜交質譜儀；
　　4.自動數據依賴性多級質譜采集技術不僅為用戶提供預測代謝物(母離子列表)結構信息，也能提供未預測到的代謝物結構信息；
　　5.二手質譜儀的主要裝置放在真空中，將物質氣化、電離成離子束，經電壓加速和聚焦，然后通過磁場電場區，不同質量的離子受到磁場電場的偏轉不同，聚焦在不同的位置，從而獲得不同同位素的質量譜。