LC-MS可以通過采集質譜得到總離子色譜圖。由于電噴霧是一種軟電離源,通常很少或沒有碎片,譜圖中只有準分子離子，因而只能提供未知化合物的分子量信息，不能提供結構信息。很難用來做定性分析，可以用來定量分析。但單級MS如果不用軟電離源，而是EI之類的話，就有碎片峰，可以提供分子結構信息。

LC-MS/MS采用串聯質譜，既能得到分子離子峰，又有碎片離子峰，因而可以用來進行定性和定量分析。

一個基本相似之處是：他們的應用領域都適用于液相適用的領域。

質譜的突出特點是：它本身是有質量信息的，是可以靠這個質量信息定性或提供定性的一些依據的（還需要其它的一些定性儀器）。其次，質譜本身也有一個分離作用，就是按照質量的分離，如果液相分離了一次，那LC－MS就分離了兩次，而LC-MS/MS就分離了三次，LC-MS3就分離了四次....（3級以上是離子阱質譜的特點）。

LC-MS和LC-MS/MS（或MSn）的區別是：

如果你關心的結果是你樣品中的主成分，而且是你已經知道的目標物，比如質控、有機合成后看一下純品、部分的農藥全分析工作、藥物合成中前導化合物的指導（合成一鍋就打一針看看合成得對不對）等等，都可以用LC-MS。因為它很便宜，操作也很簡單。即時有些東西液相沒分開，但只要你關心的是主成分，影響都不大。通過調整一下液相條件，或做完掃描圖直接看提取離子圖，或做SIM都可以。這些領域用LC-MS/MS是大材小用。

而如果你關心的結果是：

（1）未知的東西，打一針LC-MS無法定性，需要更多的碎片信息；

（2）是混合物中的痕量成分。

那你必須用LC-MS/MS：LC-MS/MS可以給出需要更多的碎片信息，幫助你來定性；LC-MS/MS可以降低背景噪音，讓痕量組分的譜圖不受豐量物質的干擾；LC-MS/MS可以降低很多背景噪音，使你的化合物的靈敏度大幅提高，定量結果變好