同一臺質譜儀可以配幾種不同的離子源如電子轟擊電離源（EI）和化學電離源（CI）。通常GC-MS氣質聯用儀會配電子轟擊電離源（EI）和化學電離源（CI），樣品在離子源中電離成離子，比較常用的離子源有與GC串聯的電子轟擊電離源（EI）和化學電離源（CI），與LC串聯質譜常用電噴霧離子化(ESI)、大氣壓化學電離(APCI)、大氣壓光電離(APPI)，以及基質輔助光解吸離子化（MALDI）等等。

電離方式和離子源

電轟擊電離（EI）：一定能量的電子直接作用于樣品分子，使其電離，且效率高，有助于質譜儀獲得高靈敏度和高分辨率。有機化合物電離能為10eV左右，50-100eV時，大多數分子電離界面最大。70eV能量時，得到豐富的指紋圖譜，靈敏度接近最大。適當降低電離能，可得到較強的分子離子信號，某些情況有助于定性。

化學電離（CI）：電子轟擊的缺陷是分子離子信號變得很弱，甚至檢測不到。化學電離引入大量試劑氣，使樣品分子與電離離子不直接作用，利用活性反應離子實現電離，其反應熱效應可能較低，使分子離子的碎裂少于電子轟擊電離。商用質譜儀一般采用組合EI/CI離子源。試劑氣一般采用甲烷氣，也有N2,CO,Ar或混合氣等。試劑氣的分壓不同會使反應離子的強度發生變化，所以一般源壓為0.5-1.0Torr。

大氣壓化學電離（APCI）：在大氣壓下，化學電離反應速率更大，效率更高，能夠產生豐富的離子。通過一定手段將大氣壓力下產生的離子轉移至高真空處（質量分析器中）。早期為Ni63輻射電離離子源，另一種設計是電暈放電電離，允許載氣流速達9L/S。需要采取減少源壁吸附和溶劑分子干擾。

二次離子質譜（FAB/LSIMS）：在材料分析上，人們利用高能量初級粒子轟擊表面（涂有樣品的金屬鈀），再對由此產生的二次離子進行質譜分析。主要有快原子轟擊（FAB）和液體二次離子質譜（LSIMS）兩種電離技術,分別采用原子束和離子束作為高能量初級粒子。一般采用液體基質負載樣品（如甘油、硫甘油、間硝基芐醇、二乙醇胺、三乙醇胺或一定比例混合基質等）。主要原理是分子質子化形成MH+離子，其中有些反應會形成干擾。

等離子解析質譜（PDMS）：采用放射性同位素（如Cf252）的核裂變碎片作為初級粒子轟擊樣品，將金屬箔（鋁或鎳）涂上樣品從背面轟擊，傳遞能量使樣品解析電離。電離能大大高于FAB/LSIMS，可分析多肽和蛋白質。

激光解吸/電離（MALDI）：波長為1250-775的真空紫外光輻射產生光致電離和解吸作用，獲得分子離子和有結構信息的碎片，適于結構復雜、不易氣化的大分子，并引入輔助基質減少過分碎裂。一般采用固體基質，基質樣品比為10000/1。根據分析目的不同使用不同的基質和波長。

采用EI則比較困難對其進行較為準確的定性，此時就需要用到CI源這種軟電離的離子化方式，通過獲得分子離子信息進而推斷化合物的結構，對定性非常有用，此外一些化合物采用CI分析可以獲得更高靈敏度。

CI源離子化室的氣密性比EI源好，以保證通入離子源的反應時間有足夠壓力。

一個是電子源，一個是化學源，針對的分子量不同，CI分析的分子量會大一些，當然兩個源分析的原理也不同！兩種的電離方式不同。EI源是電子轟擊使樣品帶電，結構會打得比較碎。CI是通過反應氣與樣品發生反應從而電離，一般分子離子保留得比較好。

EI源主要由電離室（離子盒）、燈絲、離子聚焦透鏡和一對磁極組成。燈絲發射電子，經聚焦并在磁場作用下穿過離子余弦定理到達收集極。此時進入離子化室的樣品分子在一定能量電子的作用下發生電離，離子被聚焦、加速聚焦成離子束進入質量分析器。

CI離子源的結構和EI源相似，也是由電離室（離子盒）、燈絲、離子聚焦透鏡和一對磁極組成。主要區別是離子化室的氣密性比EI源好，以保證通入離子源的反應時間有足夠壓力。

CI和EI一樣，燈絲發射的電子使中性分子電離，不同的是樣品和反應試劑一起進入離子化室，反應所濃度高于樣品濃度，首先電離的是反應試劑中性分子，由于壓力較高，發生離子-分子反應，產生各種活性反應離子，這些離子與樣品分子再發生離子-分子反應，實現樣品分子電離。常用的反應氣試劑有甲烷、異丁烷、氨氣等。

相對于EI源來說，CI源需要額外的甲烷、異丁烷等反應劑氣體在離子源內電離，與目標化合物發生分子-離子反應，傳統的離子源都是獨立的EI源和CI源，需要更換離子化模式時就需要卸除真空進行硬件的更換，更換過程以及真空系統的穩定需要很長的時間，這就給實驗工作帶來非常大的不便，雙源EI/CI復合離子源，保證EI源靈敏度不受影響的前提下輕松實現一個離子源EI和CI兩種離子化模式無縫切換，滿足客戶在不同領域的定性分析和定量分析。

節約大量時間，提升實驗效率：離子化模式切換時無需卸真空，無需換離子源,

基于分子量的相似度檢索，加強鑒定結果準確性 ：通過CI模式獲得分子離子峰確定目標化合物分子量，再通過比對EI模式獲得相似度檢索的定性結果加強鑒定的準確性。

保證高靈敏度，與獨立離子源具有相同的定性定量效果