既然食源性疾病乃是從“口入”，那么食品是否安全無毒就有必要采用檢測儀器予以鑒別了。它們不僅能夠識別出那些明顯變質的食品，還能揪出其中肉眼無法看見的有害微生物。目前，根據食品致病因子的不同，可以簡要分為細菌性危害、病毒性危害、寄生蟲危害和真菌性危害四類。

　　一，細菌性病害是由細菌病菌侵染所致的病害。普通人一提到食物中毒，可能第一反應就是覺得里面有細菌。沒錯，致病細菌污染的確是影響食品安全的重要因素。它不僅會引起食物的腐敗變質，嚴重的時候還會造成食源性疾病。對此，檢驗人員可以取出一部分食品作為樣本，采用實驗室中的培養基和顯微鏡對其菌落總數測定。菌落總數越多，說明食品質量越差，也就越容易造成細菌性食源性疾病。

　　二，病毒比細菌的個頭小得多，一般的光學顯微鏡也很難看見，因此必須采用電子顯微鏡予以觀測。雖然病毒對食品的污染并不像細菌那么普遍，但是一旦污染也會產生嚴重的后果。前幾年爆發多起諾如病毒感染事件，就是因為食品中含有此致病病毒。病毒一般通過直接或間接的方式由排泄物傳染到食品中。攜帶病毒的食品加工者可導致食品的直接性污染，而污水則常導致食品的間接性污染。因此，為了保證不被感染病毒性食源性疾病，必須加強對水質的檢測。

　　三，食源性寄生蟲病也是影響我國食品安全和人民健康的主要因素之一。畜禽、水產是許多寄生蟲的中間宿主，消費者食用了含有寄生蟲的畜禽和水產品后，就可能感染寄生蟲。目前主要可以采用病原學檢測技術、借助顯微鏡進行寄生蟲形態學觀察，比如采用載玻片和顯微鏡的直接壓片鏡檢法，采用日光燈或者紫外燈的燈檢法，直接沉渣鏡檢法以及蛋白酶消化法。除了病原學檢測技術，還可以使用包括聚合酶鏈式反應(PCR)、棉纖維卡片(FTA)、基因芯片(DNA chip)等方法的分子生物學檢測技術，以及各種免疫學檢測技術。

　　四，最后，還有一類真菌性危害，主要包括真菌及其毒素、有毒蘑菇對食品造成的危害。比如黃曲霉素、雜色曲霉素、赭曲霉素可以破壞食品的品質，產生一定的毒素。人類食用后容易導致肝損傷，甚至引發其他嚴重疾病。真菌性危害主要針對植物，日常食用的水果是重災區。針對這一“看不見的威脅”，一般可以采用高效液相色譜法、薄層色譜法、毛細管電泳法、液質聯用法等技術進行檢測。隨著科學技術的進步，高壓液相色譜儀、熒光光度計、液相色譜-三重串聯四極桿質譜儀等儀器設備也被應用于此。為了提升檢測效率、降低設備成本，現在還可以使用免疫化學分析法進行快速分析檢測，滿足現場檢測工作的需求。