串聯質譜的優點:   

所謂的串聯質譜就是兩個或者更多的質譜儀連接在一起，進行分析樣品的技術。兩個質譜串聯而成的質譜聯用技術是最簡單的，通常第一個質量分析器（ms1）將離子預分離或加能量修飾，由第二級質量分析器（ms2）分析結果。三級四極桿串聯質譜是最常用的串聯質譜，第一級和第三級四極桿分析器分別為ms1和ms2，第二級四極桿分析器所起作用是將從ms1得到的各個峰進行轟擊，實現母離子碎裂后進進ms2再行分析。

串聯質譜能夠分析小分子，也可測試有些蛋白質等生物大分子，還可以直接進行如中草藥等混合物成分的分析的儀器。   

隨著采用新技術的質量分析器不斷推出，大大促進了串聯質譜技術的發展，如四極桿-飛行時間串聯質譜（q-tof）和飛行時間－飛行時間（tof-tof）串聯質譜等。離子阱和傅里葉變換分析器可在不同時間順序實現時間序列多級質譜掃描功能。   

上風分析：

1.在混合物分析中的上風，ms/ms最基本的功能包括能說明ms1中的母離子和ms2中的子離子間的聯系。根據ms1和ms2的掃描模式，如子離子掃描、母離子掃描和中性碎片丟失掃描，可以查明不同質量數離子間的關系。在質譜與氣相色譜或液相色譜聯用時，即使色譜未能將物質完全分離，也可以進行鑒定。ms/ms可從樣品中選擇母離子進行分析，而不受其他物質干擾。   

2.在藥物分析中的上風，子離子掃描可獲得藥物主要成分，雜質和其他物質的母離子的定性信息，有助于未知物的鑒別，也可用于肽和蛋白質氨基酸序列的鑒別。

3.在藥物代謝動力學研究中的上風，對生物復雜基質中低濃度樣品進行定量分析，可用多反應監測模式消除干擾。如分析藥物中某特定離子，而來自基質中其他化合物的信號可能會掩蓋檢測信號，用ms1/ms2對特定離子的碎片進行選擇監測可以消除干擾。mrm也可同時定量分析多個化合物。在藥物代謝研究中，為發現與代謝前物質具有相同結構特征的分子，使用中性碎片丟失掃描能找到所有丟失同種功能團的離子，如羧酸丟失中性二氧化碳。假如丟失的碎片是離子形式，則母離子掃描能找到所有丟失這種碎片的離子。  

串聯質譜的缺點：

1.串聯質譜結構復雜，維護成本高。質譜儀是高精密儀器，在實驗室使用時要經過專門培訓的技術職員才能操縱質譜儀。

2.串聯質譜對環境的溫度、濕度等要求高。  

3.測試速度慢，而且功能復雜。影響分析工作的效率。