二手多級質譜聯用是通過對一級或上級質譜產生離子的進一步裂解產生次級質譜，并對次級質譜進行質量分析的技術。依據實現方式，多級質譜可分為兩類：一類是時間串聯質譜，它是利用某些質量分析器能夠儲存離子的特性，在同一個質量分析器上，通過時間序貫實現多級質譜分析；另一類是空間串聯質譜，它是利用多個質量分析器在空間上串聯從而實現多級質譜的功能。

二手多級質譜聯用之時間串聯質譜法
時間串聯質譜主要是由離子阱或FT一ICR完成操作。從“硬件”方面來看，只需要一個質量分析器，因而儀器費用較空間串聯質譜要低，這是時問串聯質譜的最大優點。

也正因為這個原因，時間串聯質譜可達到多級(MSn)，這是空間串聯質譜所不能及的。

在離子阱中完成串聯質譜的實驗步驟組成：
①按前述的離子阱穩定性圖，選擇適當的u、P值，可選出某一質荷比的離子貯存在離子阱中，質荷比更大或更小的其它離子均逐出離子阱。
②進行碰撞誘導斷裂CID。由于離子阱在運行時是充氦氣的，加大初始離子(pre．cursor ion)的動能即可實現CID。例如，在端蓋極上加一個輔助的正弦波形的“擾動(tickle)”電位，其頻率調諧至離子運動的基頻，因此離子從這個輔助的“擾動"電場中吸收能量，這是一個共振激發的過程。仔細控制擾動電位的振幅，使離子不致于從離子阱中逐出，但離子已從離子阱的中心拉出來，增加了動能，和氦氣分子碰撞，發生CID。
③進行質量掃描，得到產物離子的質譜，這由掃描V而完成。
以上一個循環由計算機控制完成。必要時，可進行下一級乃至多級(Msn)實驗。
由于離子在離子阱中不斷作回旋性的運動，因而有較高的碰撞效率。時間串聯質譜只能完成產物離子掃描，不能進行初始離子掃描和中性碎片丟失掃描，但產物離子掃描是最重要的一種掃描。

二手多級質譜法

離子阱質譜法(ITMS)和傅里葉變換離子回旋共振質譜法(FTICRMS,即FTMS)的發展，使MSn(n>2)成為可能，這兩種方法均有離子貯存及選擇性排斥功能。MSn實驗是通過軟件實現的，樣品離子化后，用脈沖程序將選定的m／z離子以外的其他離子排斥出去，用脈沖閥導入碰撞氣體，將選定的離子加速至足夠的動能，經CID得到產物離子。上述程序可重復進行，直至實現MSn。

二手多級質譜法的源內CID(in—source CID)是利用API—MS的離子傳輸區的電場，在約133Pa的壓力下，碰撞誘導離子裂解，產生CID譜。

優點：碰撞活化效率高，因而靈敏度高；簡便，不必知道Ma+的m／z；可選擇的能量范圍較寬，以適應于不同穩定性的化合物；儀器簡單、價廉。所以，在藥物分析中可以解決多數定性、定量問題。

缺點：如有雜質及共流出峰存在將產生復雜的結果；由于需進行色譜分離，因而增加了分析時間。

無論是哪種方式的串聯，都必須有碰撞活化室，從第一級MS分離出來的特定離子，經過碰撞活化后，再經過第二級MS進行質量分析，以便取得更多的信息。