藥物代謝產物具有種類多，濃度低，樣品基質復雜，內源性物質干擾嚴重等特點，同時由于代謝物與原藥，代謝物之間結構類似，測定時亦造成相互干擾，一直以來代謝物物鑒定都占用了藥物代謝工作者大量的時間和精力。隨著質譜技術的成熟，單一功能的質譜儀已逐漸不能滿足藥物發現和開發階段代謝物鑒定的需要，而復合型質譜儀集定量和定性于一身的強大功能能大大提高藥物代謝工作者的工作效率。從3200 QTRAP到4000 QTRAP，再到QTRAP 5500，QTRAP復合型質譜儀在掃描速度、靈敏度等性能方面完成一次又一次的突破和飛躍，成為藥物代謝工作者的首選。

1、藥物代謝定義

藥物代謝是指藥物在體內吸收、分布、生物轉化、排泄等一系列過程，主要器官是肝臟，也可能發生在血漿、腎、肺、腸及胎盤。在體內的代謝主要靠肝細胞微粒體的藥酶，其中主要的是混合功能氧化酶系。

2、藥物代謝類型：

藥物代謝可分為兩種類型：第一類包括氧化、還原、水解等，產生I相代謝產物；第二類為結合過程，藥物分子或I相代謝產物與體內活化的葡萄糖苷酸、硫酸酯、谷胱甘肽等結合，產生II相代謝產物，產物一般水溶性加大，利于排泄。

3、藥物代謝對儀器的高要求：

首先藥物代謝產物具有種類多、濃度低、樣品基質復雜等特點，首先對儀器的靈敏度要求非常高；其次，藥物代謝產物尤其是真正的體內代謝產物還具有樣品量有限的特點，樣品量有限不能重復進樣成為代謝物鑒定的瓶頸，這就要求儀器一針進樣能給出更多的信息，顯然單一型的質譜已經無法滿足代謝物鑒定的高要求。

QTRAP復合型質譜儀，用其高靈敏度的三重四極桿及高靈敏度的線性離子阱，一針進樣同時給出定量定性數據，能夠高效率的進行代謝物的定性、定量工作。

在結構上，QTRAP復合型質譜儀在第三級質譜也就是Q3部分，既可以當作三重四級桿使用，又可以當作線性離子阱來使用，同時還可以在1 ms內完成從四級桿到線性離子阱的迅速切換，實現在一次掃描中從三重四級桿到線性離子阱兩種質譜的互換，進而實現一針進樣同時給出藥物代謝產物定量定性圖譜和數據。

在功能上，QTRAP復合型質譜儀具有三重四級桿的多反應離子監測 (MRM)、子離子掃描(Product Ion)、母離子掃描(Precursor Ion)、中性丟失掃描(Neutral Loss)等功能進行代謝物鑒定;還能夠使用線性離子阱增強全掃描(EMS)、增強子離子掃描(EPI)、增強分辨率掃描(ER)、MS3等進行代謝物鑒定。由于線性離子阱的富集作用，也可以選擇同時在Q0對離子進行富集，EMS、EPI的靈敏度與三重四級桿的全掃描和子離子掃描相比至少提高兩個數量級以上，靈敏度的提高有利于發現濃度比較低的代謝物;MS3掃描在克服傳統3D離子阱的1/3質量歧視效應的基礎上，可以給出代謝物的三級碎片，有助于代謝物的結構鑒定和解析，選擇母離子/子離子/三級離子定量，選擇性強，也有助于復雜基質中代謝物的定量。

QTRAP復合型質譜儀在代謝物鑒定的獨有方法：

a.對于濃度比較高的藥物代謝物，一般可以通過全掃描(EMS)，全掃描關聯增強子離子掃描(EMS-IDA-EPI)得到化合物的高靈敏度全掃描一級質譜圖以及高靈敏度的二級質譜圖。由于全掃描使用的是線性離子阱的功能，比四級桿掃描的靈敏度會有大幅度的提高，有利于代謝物的鑒定。

b.對于濃度比較低的代謝物，通過預測型多反應監測關聯增強子離子掃描(pMRM-IDA-EPI)、母離子掃描關聯增強子離子掃描(Prec-IDA-EPI)、中性丟失關聯增強子離子掃描(NL-IDA-EPI)等方法檢測，也可以根據實驗需要幾種掃描方式相輔相成，共同完成代謝物的鑒定。